深圳市深汕特别合作区位于广东省东南部，粤港澳大湾区最东端，西北与惠州市惠东县接壤，东与汕尾市海丰县相连，总面积468.3平方公里，由鹅埠、小漠、赤石、鲘门四镇组成，海岸线长50.9公里，人口约7.73万人，海域面积1152平方公里。
深汕特别合作区前身深圳（汕尾）产业转移工业园位于汕尾市鹅埠镇，是经省政府批准认定的省产业转移工业园，由汕尾市政府和深圳市政府共建。
2011年2月18日，广东省委、省政府批复《深汕（尾）特别合作区基本框架方案》，正式设立深汕特别合作区 。2011年5月21日，广东省委、省政府将“中共深汕特别合作区工作委员会”、“深汕特别合作区管理委员会”牌子授予深圳、汕尾两市，合作区正式运作。合作区规划范围包括鹅埠、小漠、鲘门、赤石四镇，总面积468.3平方公里。其中，可建设用地145平方公里，海岸线长50.9公里，区内常住人口为7.65万人。深汕特别合作区党工委、管委会为省委、省政府派出机构，享有地级市一级管理权限，委托深圳、汕尾两市管理，深圳市主导经济管理和建设，汕尾市负责征地拆迁和社会事务。
2015年7月召开的广东省政府常务会议审议通过了《广东深汕特别合作区管理服务规定》。这部省政府规章是全国首个省级合作区的立法，同时也是深汕特别合作区开发建设的基本大法。该《规定》的出台，意味着深汕特别合作区的法律地位正式确立，履行职能从行政授权转化为法律授权，行使地级市管理权限从此有了法律依据 2017年9月，广东省委、省政府下发了《关于深汕特别合作区体制机制调整方案的批复》，要求深圳市要不折不扣落实好全面主导合作区经济社会事务的责任，按照“10+1”（深圳10个区+深汕特别合作区）模式给予全方位的政策和资源支持，确保合作区在新的体制机制下迅速打开工作局面，尽快做大做强。深圳市深汕特别合作区党工委、管委会、纪工委领导班子成员由深圳市委选任和管理。领导职数参照深圳经济功能区配备 。
2018年2月，深圳市下发深汕特别合作区体制机制调整的工作方案，调整进入具体实施阶段。2018年12月，深圳市深汕特别合作区党工委、管委会正式挂牌 。根据深汕特别合作区体制机制调整方案，深汕特别合作区党工委、管委会调整为深圳市委、市政府派出机构 。2019年3月深圳市深汕特别合作区2019年工作会议在深汕特别合作区管委会召开。随后，深圳市深汕特别合作区11个新设机构集中完成了揭牌仪式。
2019年10月广东省民政厅批复《广东省民政厅关于同意撤销海丰县鹅埠镇小漠镇鲘门镇赤石镇设立海丰县鹅埠街道小漠街道鲘门街道赤石街道的函》(粤民函〔2019〕1778号)，批准撤销海丰县鹅埠镇、小漠镇、鲘门镇、赤石镇设立海丰县鹅埠街道、小漠街道、鲘门街道、赤石街道。并要求4个镇改设街道后的管理体制问题，请深圳、汕尾市按照《中共广东省委广东省人民政府关于深汕特别合作区体制机制调整方案的批复》(粤委〔2017]123号)有关要求办理。
鹅埠街道地处深汕特别合作区西部，东、北与赤石街道交界，西与惠东县相邻，南与小漠街道相连。街道区域总面积90.18平方千米（2017年）下辖10个村委会和1个社区（鹅埠村、蚊湖村、水美村、新园村、西湖村、西南村、上北村、下北村、田寮村、红罗村和鹅埠社区），其中红罗畲族村是深汕特别合作区唯一的少数民族聚居村。总人口约2.9万人，其中户籍人口 1.97万人。
赤石街道位于深汕特别合作区北部，东北距深汕特别合作区城区8公里，街道办驻赤石圩。现辖下赤石、园林2个社区和赤石、大安、新联、新里、新城、明热、冰深、明溪、碗窑、洛坑、圆墩等11个村，86个村民小组。全镇区域面积306.82平方公里，赤石街道总人口26075人。
鲘门街道观音山脉分水为界与海丰县梅陇镇接壤，西北以洛坑山脉和新径山脉分水为界与赤石镇接壤，西南以沙埔河中心为界与小漠街道相邻，西南方面向大海，全街道总面积40平方公里，海岸线全长23公里。下辖鲘门社区居委会、民生村委会、民安村委会、民新村委会、红源村委会、红泉村委会、朝面山村委会、百安村委会，共有41个自然村（社区小组），芒屿岛、鸡心岛、江牡岛三岛属鲘门街道管辖。鲘门街道户籍人口1.9万人。
小漠街道因驻地小漠圩而得名。小漠圩原称洪官圩，又名旺官圩。小漠地处红海湾畔，海拔2〜5米之间，背山面海，属丘陵地形，海岸线长达19.5千米，浅海滩涂广阔。小漠镇自南向北呈三角形片状分布。全镇总面积34.45平方千米，下辖1个旺官社区及旺渔、东旺、南香、云新、元新、大澳等6个村民委员会，有17个自然村，总人口约1.4万人。