《X战警》系列长期以来一直不得要领，电影之间没有太多紧密的联系，各自为章，质量又参差不齐，剧情BUG不断。直到漫威电影的上映，让福斯影业首次见到“统一宇宙”的方法。
2014年上映的《X战警：逆转未来》用“时空穿越”的方式改变历史，修正了之前不讨喜的电影剧情BUG，使之回归贴近漫画精髓，并统一属于福斯影业的X战警电影宇宙，正式结束了长达十多年的旧史剧情。
目前已上映的八部电影（包含外传）中，除去《第一战》这部讲述X战警起源的影片，以及两部《金刚狼》中关于金刚狼1973年前的经历外，其余电影故事均被“无情”重启。
《X战警：第一战》（2011）
主要敌人：地狱火俱乐部“黑国王”塞巴斯蒂安·肖
BOSS战：美苏双方导弹，引发古巴导弹危机
彩蛋1：X教授使用“主脑”时实际搜索到了少年镭射眼和暴风女，但由于年纪差距太大，而被官方否认
彩蛋2：1962年金刚狼酒馆客串，这个彩蛋与《逆转未来》故事情节对应相联，在《逆转未来》导演剪辑版中还加了一句对于狼叔的外貌描述；
彩蛋3：X战警的蓝黄制服来自漫画X战警初代五人组制服；
彩蛋4：结尾万磁王头戴的红色甲虫样头盔完全作为彩蛋，还原了漫画里万磁王的头盔；
彩蛋5：正传三部曲饰演魔形女的丽贝卡·罗梅恩，客串勾引万磁王的成熟化身。
外传《金刚狼》讲述詹姆斯·豪利特如何化名罗根，自愿加入“X武器”计划成为一身埃德曼金属骨架的“金刚狼”，并因此失去记忆的故事。
《金刚狼》（2009）
主要敌人：威廉·史崔克
BOSS战：死侍/第十一号武器，引发三里岛战役
彩蛋1：金刚狼在日本酒馆喝酒的彩蛋（为《金刚狼2》做引子，但因《狼2》剧本大幅度修改，在日本酒馆能听懂日语的金刚狼成为了无意义的桥段）；
彩蛋2：死侍复活，在三里岛废墟中张开被缝住的嘴巴向观众说“嘘”，这其实是为《死侍》电影做的彩蛋，但由于该片里的死侍起源改编幅度过大，且《死侍》电影搁置多年，所以在《逆转未来》后，新版《死侍》才得以顺其自然采用“新史”重起炉灶。
正传三部曲是以金刚狼为主角的三部曲，讲述失去记忆多年的“金刚狼”罗根于二十一世纪初加入X战警，与万磁王麾下“兄弟会”及人类政府极端组织斗智斗勇数年，在经历了自由岛战役（X1）、阿尔卡利湖战役（X2）后，终在2006年的“恶魔岛战役”（X3）引发变种人与人类之间战争的故事。
《X战警》（2000）
主要敌人：变种人注册法案/万磁王兄弟会
BOSS战：阻止万磁王“兄弟会”掠夺罗刹女及改造人类的自由岛战役
彩蛋1：镭射眼问金刚狼是否想要黄色紧身衣，致敬了漫画X战警早期黄色紧身衣制服；
彩蛋2：为了搞笑，导演布莱恩·辛格设计了蜘蛛侠与X战警对峙的一幕戏。他让特技演员斯考特·拉瓦（Scott Leva）穿上蜘蛛侠的衣服，与镭射眼、琴·格雷、暴风女发生了正面交锋。事实上在1985年，拉瓦曾穿着同一件蜘蛛侠的衣服，为漫威拍摄了《不可思议的蜘蛛侠》的漫画封面。在这个备用剪辑中，蜘蛛侠发现自己穿越到另外一部电影中，然后仓皇逃走了。
彩蛋3：斯坦·李在沙滩上卖热狗。
《X战警2》（2003）
主要敌人：威廉·史崔克
BOSS战：幻象大师/阿尔克莱湖战役
彩蛋1：魔形女在威廉·史崔克电脑中发现许多电影未登场的、漫画里的变种人姓名，出现了政府用哨兵机器人侦测逮捕变种人的“警醒计划”；
彩蛋2：导演布莱恩·辛格饰演一个狱卒；
彩蛋3：琴·格雷在爆发“凤凰之力”牺牲自己拯救X战警后，电影最后一幕阿尔卡利湖上显出了“凤凰”飞翔的影子。
《X战警：背水一战》（2006）
主要敌人：美国总统实现的解药武器化/万磁王兄弟会
BOSS战：琴·格雷堕入“黑凤凰”纯粹欲望状态
彩蛋1：危境室课堂上训练仿真虚拟对象是哨兵机器人，造型与漫画一致。
彩蛋2：片尾彩蛋片段，被黑凤凰杀死的X教授附身在植物人身上复活，莫拉激动的叫出教授名字“查尔斯”，承接正片中X教授播放的莫拉与天生没有脑功能植物人的视频片段，阐述是否可将濒死之人思维上传到这个植物人身上得以存活。在光碟“导演评论”轨中，导演承认这个植物人是与X教授拥有同样变种能力的同卵孪生双胞胎兄弟。同卵双生改编自漫画中X教授同卵孪生的双胞胎姐妹诺瓦，在还是胎儿时，诺瓦本能的想要杀死查尔斯，但被查尔斯觉醒的原始精神能力造成流产但却未亡，多年来伺机报仇。复活后的诺瓦曾率领哨兵机器人屠杀基优岛万千变种人，并欲要抢夺X教授身体。
彩蛋3：斯坦·李成为琴·格雷家的邻居。
《金刚狼2》讲述在“恶魔岛战役”后，罗根离开了X战警，抛弃“金刚狼”武士之名隐居数载，某日受邀来到日本，在遇到日本女孩真理子后，重拾“金刚狼”之名的故事。
《金刚狼2》（2013）
主要敌人：“银武士”&蝰蛇
BOSS战：“银武士”埃德曼金属摧毁争夺战
彩蛋1：片尾彩蛋发生在《金刚狼2》主线情节的两年后，金刚狼在机场过安检时，见到了因“新哨兵计划”团结一致的万磁王与X教授。该情节发生在《逆转未来》黑暗2023年的10年前；
彩蛋2：这是《金刚狼2》第二结局。雪绪将真理子送给金刚狼的箱子递给狼叔，狼叔打开一看，箱子里正是漫画里金刚狼的制服。实际在正片中金刚狼与雪绪登机前，雪绪的手中便有这个箱子。假设没有《逆转未来》的彩蛋，就很可能采用第二结局作为该片的正式结局。
《X战警：逆转未来》讲述在2023年，人类研发的哨兵机器人统治了世界，无数变种人与可生变种后代的人类被屠杀或关押试验，世界被黑暗笼罩，只有金刚狼可以承受时空穿越的痛苦穿越回1973年，警告年轻的X教授阻止魔形女杀死“哨兵计划”的研发者玻利瓦尔·崔斯克，以免堕入黑暗未来的命运，最终旧史被新史所取代。
《X战警：逆转未来》（2014）
主要敌人：哨兵计划/玻利瓦尔·崔斯克
BOSS战：未来哨兵机器人屠杀战&万磁王白宫事件
彩蛋1：漫画原作中是琴·格雷平行宇宙的女儿瑞秋使用凤凰之力将幻影猫穿越到过去，而电影中则是幻影猫将金刚狼的意识穿越回过去的身体中，电影不存在瑞秋，幻影猫的时空穿越能力是电影原创，也可以看作是变种人为了保命而发生的二次变异。
彩蛋2：万磁王说白皇后艾玛因变种人试验死掉了。虽然没出现她的尸检报告照片，但在未来大战时能看到哨兵机器人变作钻石体抵抗太阳黑子的高温，变形时的音效和特效与《第一战》的白皇后一模一样。
彩蛋3：万磁王插入金刚狼体内的钢筋场面非常像漫画中万磁王将金刚狼体内埃德曼金属剥离出来的场面。
彩蛋4：金刚狼被万磁王扔进水里，这种拥有超强自愈能力的变种人最怕的是水，呛死再治愈再呛死再治愈，循环往复痛苦万分。
彩蛋5：导演布莱恩·辛格客串了摄像师，记录了万磁王试图杀死魔形女的全过程。
彩蛋6：片尾彩蛋中，少年天启在四骑士的守护下建造了金字塔，古埃及民众跪拜他并称他为En Sabah Nur（天启的名字）。天启的衣服款式非常像古埃及太阳神拉（Ra），而英俊的灰蓝皮肤外表又非常像印度教主神奎师那（Krishna）。在《天启》预告中，天启称自己过往有许多名字：“耶和华、奎师那、太阳神拉”。不过，这版天启与奥斯卡·伊萨克饰演的天启并不是同一人，天启会在年老后通过“换身体”来延续生命并夺取对方超能力，伊萨克原本是拥有自愈能力的变种人，天启通过夺取他的身体以获得永生，所以严格来说，伊萨克只是一尊被夺取的身体。
《死侍》讲述罹患晚期癌症的前雇佣兵韦德·威尔逊，如何自愿接受私人部门的手术，成为不死之身的“死侍”，与X战警联手营救爱人瓦纳莎的“近未来”新史故事。
《死侍》（2016）
主要敌人：阿贾克斯
BOSS战：杀阿贾克斯，夺女友
彩蛋1：与X战警相关的有——韦德的“旧史死侍”玩偶、“休杰克曼”面具、死侍吐槽X战警时间线混乱、到底见哪个教授，吐槽野兽，吐槽电影成本太低请不起其他X学院人物等等；
彩蛋2：韦德吐槽《飓风营救》拍了三部，连姆·尼森老是害女儿被绑架，所以不是好父亲。而影片中连姆大叔的老婆正是法米克·詹森饰演的，也就是老版琴·格雷；
彩蛋3：黑蜘吐槽X大宅总爆炸，钢力士称这是为了方便塑造人物性格。在漫画中，X大宅也是经常被队员吐槽常被敌人炸毁，需要重建。电影中X大宅在《X2》因遇袭小范围炸毁一次，在《逆转未来》旧史2023年彻底炸毁，并在即将上映的《天启》新史1983年再一次完全炸毁！
彩蛋4：斯坦·李化身夜店DJ；
彩蛋5：片尾彩蛋预告，镭射眼之子“电索”将会在《死侍2》登场。
正在上映的《X战警：天启》，讲述的是《逆转未来》魔形女拯救总统成为英雄的10年后，坚信“优胜劣汰”的古老变种人“天启”被莫拉意外唤醒，他招募了四个变种人作为使徒“四骑士”，打算摧毁全世界建立新秩序，并与X战警展开大战。