《小娘惹》讲的是陈家、黄家、查理张三个家族三代人的故事。黄家里有个二太太，生出个聋哑人菊香，不过两人过的却是下人的生活，在封建家族中，菊香与山本介洋结婚，生下月娘。
抗日战争结束，黄家也从新加坡回到国内。太太有两个嫡孙女珍珠和美玉，还有一个嫡孙黄天宝，黄家希望有一个能嫁到有地位的陈家。
在黄家，玉珠因为是最小的，黄家人没有太关注，所以玉珠心地善良，时刻在关心着月娘。她的善良给了月娘温暖，唯一一个黄家人把月娘当做朋友、姐妹的人。
珍珠看上了三代单传有地位的陈锡，可陈家是荅荅（da）家族,珍珠作为女方，是娘惹，不得不学习厨艺、刺绣。玉珠耐心刻苦，毫无怨言地学习，老娘惹看得出玉珠天赋好，也夸了几次玉珠；玉珠也没有想到自己的亲姐姐竟然用滚烫的油倒在她的手上，月娘替玉珠挡了，姐姐还不依不饶的。
月娘生病，黄家因为陈锡喜欢月娘，太太便派人将月娘丢出没人的地方，让她等死。玉珠虽然不说，但心里却是喜欢陈锡的，私下帮忙找月娘被母亲发现，被姑姑骂，被母亲打。
月娘被黄家逼亲，玉珠帮月娘逃离黄家时，被醉酒的查理张的儿子罗伯特强暴，眼睁睁在门缝中看见亲姐姐见死不救。
玉珠消极了一段时间，等她看开了时，却因黄家人重利被迫嫁给罗伯特。玉珠不想嫁，却被母亲打了一巴掌，说她不懂事。但是玉珠自始至终都没有说出姐姐见死不救的事情。
可查理张父子被玉珠姑姑要挟‘不交马来西亚商业某些领域的代理权，就要打官司到洋人那’和必须对玉珠负责，罗伯特也记恨起了无辜的玉珠。罗伯特又因要讨好洋人，亲手将玉珠送到老洋人的床上。
玉珠受不了打击疯了，罗伯特将早已怀孕的她丢进一个偏僻的屋子里锁起来，不给吃不给喝。陈锡和月娘来救，也被罗伯特关起来放火。
陈锡救出了玉珠，而玉珠听着他喊月娘渐渐恢复短暂的意识。玉珠生了个儿子，不知道是罗伯特的还是洋人的，罗伯特说她肚子里的孩子都不知道是谁的。
月娘一生未嫁，将玉珠的孩子养大，而陈锡最后选择了朋友丽贝儿。好人不长命，祸害遗千年，黄家人活得长久自在，但玉珠活得很悲惨，而且这悲惨的结局还是家人造成的。
假如玉珠的姑姑不要挟罗伯特对玉珠负责，玉珠就不会疯。假如黄家不巴结亲日的查理张，就不会扯上关系，黄家也就不会衰败。
剧中的玉珠很悲惨，爱的人看到她疯掉的模样，但现实中他们是一对夫妻。
